El 11 de marzo de 1991, los Gobiernos de Brasil y Uruguay firmaron el «Acuerdo de Cooperación para el Aprovechamiento de los Recursos Naturales y el Desarrollo de la Cuenca del Río Cuareim», con el objetivo de avanzar en los esfuerzos hacia el desarrollo integrado,  el manejo coordinado y ambientalmente sustentable de la cuenca de dicho río. Mediante el mismo, las partes se comprometieron, entre otras cosas, a:

• Ampliar su estrecha colaboración para promover el desarrollo de la cuenca.
• Buscar elevar los niveles sociales y económicos de las comunidades, así como mejorar el manejo racional de los recursos naturales, con énfasis en los recursos de aguas, tierras y la conservación del medio ambiente.
• Formar la «Comisión Mixta Uruguayo-Brasileña para el Desarrollo de la Cuenca del Río Cuareim»(CRC), como la institución responsable, ante las partes contratantes, por la ejecución del Acuerdo.   

El 6 de mayo de 1997, se firma el “Ajuste Complementario del Acuerdo de Cooperación del Río Cuareim”, buscando la gestión integrada de los Recursos Hídricos en la cuenca y por lo cual:

• Se da prioridad al abastecimiento de agua potable, a las poblaciones de la Cuenca.
• Se definen los criterios para la utilización del agua para riego, así como las instituciones encargadas de otorgar los derechos de uso, recayendo esta responsabilidad en la Secretaría de Recursos Hídricos (SRH) del Ministerio de Medio Ambiente, Recursos Hídricos y de la Amazonia Legal (MMA) de Brasil, y en la Dirección Nacional de Hidrografía (DNH), del Ministerio de Transporte y Obras Públicas (MTOP) de Uruguay.
• Se faculta a las instituciones nombradas, a establecer de común acuerdo restricciones a los volúmenes de bombeo autorizados (en caso de estiaje severo), así como a implementar mecanismos de participación de los usuarios.
• Se acuerda la prohibición de realizar obras en el lecho del Río Cuareim sin la autorización conjunta de las instituciones competentes de ambos países.
• Las partes se comprometen a adoptar medidas para que la calidad de las aguas en la cuenca, esté de acuerdo con las normas internacionales en la materia, en vigor para ambas partes y a promover la conservación de los Recursos Hídricos y de los suelos, estimulando el uso de técnicas y prácticas adecuadas, creando conjuntamente las instancias y mecanismos administrativos necesarios para implementar tales acciones.

Los Gobiernos de ambos países, y la Comisión Mixta Uruguayo-Brasileña para el Desarrollo de la Cuenca del Río Cuareim (CRC), han tomado diversas iniciativas tendientes a avanzar en el conocimiento y manejo integrado de la cuenca.